OBJECTIF
- Être capable de tester des hypothèses et d'ajuster des modèles permettant de comprendre l'évolution à l'échelle moléculaire

PRÉREQUIS
- Avoir déjà utilisé les logiciels de base en phylogénie moléculaire
- Maîtriser les notions de base en statistiques (tests statistiques, principe du bootstrap, intervalles de confiances, etc.) et de probabilités (probabilités jointes / conditionnelles, théorème de Bayes, etc.)
- Maîtriser un langage de programmation
- Notions de phylogénie moléculaire
Avoir suivi le stage "Phylogénie moléculaire - formation de base" ou niveau équivalent

PROGRAMME
- Phylogénétique et génétique des populations
- Détection de sélection positive au sein de séquences codantes
- Datation moléculaire : intégrer fossiles et molécules
- Phylogénomique
- Super-arbres et super-matrices, réconciliations d'arbres
- Visualisation de l'information en phylogénie
- Placement phylogénétique
- Bases d'épidémiologie (modèles en compartiments, ODE, applications, etc)
- Simulations selon une variété de modèles épidémiologiques
- Phylodynamique : combiner épidémiologie et évolution